【全新上线】阿吉安新冠病毒毒株自动分型功能



发布日期:2023/01/06



新型冠状病毒SARS-CoV-2目前仍在全球多数国家和地区流行,造成严重公共卫生安全危机和经济损失。此次疫情病原确定为冠状病毒后,国际病毒分类学委员会ICTV和世界卫生组织WHO将该疾病和病毒分别命名为COVID-19  SARS-CoV-2


快速跨区域传播直接导致了病毒在不同人群中快速进化,产生大量进化正选择位点(Positive selection sites),携带这些突变位点的毒株可快速适应宿主,突破宿主免疫防御,成为区域优势流行株。因此,对变异流行株(Variant)的命 名具有重要的分子流行病学指导意义。目前,主要的 SARS-CoV-2变异流行株命名有GISAID命名法、Nextstrain命名法、Pango命名法和WHO出的希腊字母命名法。



当前,我国主要流行新冠病毒株仍以BA.5.2及BF.7为主。COVID-19的病原学检测方法,除了核酸和抗原外,mNGS以无需预设、检测快速、准确、全面的优点,在新冠重症感染及新冠合并细菌、真菌的混合感染方面发挥着明显优势。



为进一步给临床精准诊疗、疾控流行病原分析提供有力支持,阿吉安在结果分析时使用Pangolin软件,结合NCBI、我国毒株流行病学数据以及权威报道的毒株突变信息,将新冠病毒精准分型并呈现在报告里,赋能临床诊疗。基于阿吉安检出新冠病毒近千例样本数据分析,实现病毒株分型的样本占比达到78.79%,北方主要检出病毒株BF.7,南方主要检出病毒株BA.5.2。


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